司徒均进京后，根据龙谦的授权，一面指导、组织、协调各大军区、各新建师的组建与调动，一面拟定各大战略区军事行动指导计划，报龙谦批准后监督各军区执行。东南军区战火已经平息，但西北军区向西北各省的进军以及西南军区向四川的进军仍然发生着规模不大的战斗，期间更涉及到对地方势力的处置政策，牵扯了司徒均的很大精力。
司徒均承认，他对于政治比较厌恶，也比较迟钝。但是，反清战争以及蒙山军更早的建军发展史早已证明，在中国，如果不懂政治而治军简直就是笑话。
回到自己那所简陋到极点的办公室，司徒均立即召来副总参谋长兼作战部长商凤春，通报了刚才关于外蒙局势的研究结论，指示商凤春立即起草指令下达给北方军区。然后专心修改完善那份编制局上报的关于陆军编制草案。这份厚达110页的报告已经在司徒均案头七天了，仍未定稿。
司徒均进京后虽然不能向过去一样跟龙谦朝夕相处无所顾忌地探讨一切军事问题了主要是因为龙谦的时间被别人占用了，但俩人还是好几次谈起国防军首脑机关的组建。龙谦早已确定的分设军政及军令两大系统的设想正在实施中，这既是各国基本成熟的做法，也符合他一贯的分权制约思想，为司徒均完全拥护。
承担军政重任的国防部尚未组建，但军令系统要先走一步。目前已经成立的三总部中，运转最为正规的是军令系统的核心——总参谋部。其余两部，总政治部及总联勤部虽然成立并有自己的首长。但由于蒙山军当时分割于三块互不联系的战略区，实际上并没有发挥其应有的作用。比如，宋晋国作为总联勤部长，并不负责南方军的后勤保障。只负责山东军全部及北方军的部分军火供应。南方军是连树鹏具体负责的。总政治部主任当时是方声远，但方声远却基本没有角色。南方军是曹敏忠管这块，山东军及北方军干脆就是司令官宁时俊亲自管。而且，他们的精力主要在练兵打仗，一切人事、稽核、奖惩等划归总政的职能都不太正规。
龙谦等司徒均率总参机关进京后。将筹划共和国武装力量统帅机关的重任交给了司徒均。龙谦对他说，你不要等政府机构的建立了，先拿出一个总体的方案来。一些原则我已经跟你谈过了，你照我定的原则设计出国防军统帅机关的构架，并且明确各自的职责，做到不遗漏，不重叠。精简高效。
这正是司徒均所愿意做的。
目前军队的统帅机关就是三总部。按照龙谦军政军令分设的构想，总政治部所管的一大摊子肯定要划归即将成立的国防部。但是，总参谋部、总联勤部、陆军司令部及也已成立的海军司令部加上显然是国家最高军政机关的国防部究竟是什么关系，却令司徒均十分的困惑。
他已经有了两个副手。商凤春及张玉林。但在这个问题上，两位副手显然是丈二和尚摸不着头脑。
司徒均认为，既然已经任命宁时俊为海军总司令，海军司令部的建立就是必然的了。海军司令部有了，陆军怎么办？直属于总统吗？龙谦曾在小范围说过国防部代行陆军司令部职权，确实有过这样的考虑，但这样一来，海军似乎要独立于体系之外了，这显然又不合适了。
不光是陆海军两大军种的关系问题。海军司令部与国防部、总参谋部以及总联勤部是什么关系？垂直还是平行？总参机关是否设立海军指导机构？总参与国防部又是什么关系？总参谋部与总联勤部如果平行的话，部队的武器采购完全决定于总联勤部就不合适了，因为作战训练部可能不涉及武器装备的研制-->>